Nogle fisk og skaldyr vil få fordele af klimaændringerne, mens andre vil blive begrænset i deres vækst og overlevelsesmuligheder.

Klimaforandringerne vil på flere måder ændre fiskenes livsbetingelser i de danske farvande og dermed påvirke fiskeriet.

Når temperaturen stiger, vil de arter, der lever på deres sydligste udbredelsesgrænse i danske farvande - det er arter som torsk, sild og kuller - trække mod nord, mens de arter, der lever på deres nordligste grænse - det gælder blandt andet tunge og brisling - vil vinde frem.

Fiskeriet skal omstille sig til at fange brisling, ansjos og sardiner 
Klimaforandringerne forventes at få de historisk vigtige arter for dansk fiskeri, torsk og sild til at gå yderligere tilbage, mens sydlige arter som brisling, ansjos, sardiner, rødmulle og tyklæbet mulle til gengæld vil vinde frem.

Fiskeriet vil skulle omstille sig efter de nye arter og der bliver behov for ny overvågningsteknologi for at kunne følge ændringerne i økosystemerne og fiskebestandene. 

Østers kan blive en trussel mod blåmuslinger
Muslingefiskeri bliver også påvirket af temperaturforandringerne. I fjorde og andre kystnære områder ændrer skaldyrsbestandene sig i disse år, hvilket formodentlig skyldes temperaturændringer.

Stillehavsøsters spreder sig i Danmark og har flere steder opbygget tætte bestande. Den betragtes som en invasiv art, der ikke hører naturligt til i vores farvande. Stillehavsøsters kan derfor være en trussel mod hjemhørende arter, især blåmuslingen.

Klimaforandringerne vil påvirke fiskenes muligheder for overlevelse
En stigning i vinternedbøren kan føre til en forøget udvaskning af næringsstoffer fra landbruget til vandmiljøet. Dermed forøges algevæksten og risikoen for iltsvind i de indre farvande.

Øgede nedbørsmængder påvirker saltholdigheden i Østersøen markant. Et fald i saltholdigheden på flere promille vil forringe chancerne for, at torskens æg overlever. Æggenes chancer for at overleve forringes yderligere af stigende overfladetemperatur og følgende lagdeling.

Endelige kan højere temperaturer fremme nye typer af sygdomsfremkaldende bakterier og giftige alger, som kan true de vilde fiske- og skaldyrbestande, og i sidste ende også true fødevaresikkerheden.