Klimaændringerne vil påvirke fiskebestandene i de danske farvande. Det skyldes både ændringer i fødegrundlag, temperaturer og saltholdighed.

I de danske farvande ser vi allerede nu ændringer i fiskearternes forekomster som skyldes de højere vandtemperaturer. I disse år kommer der flere fiskearter fra Biscayen ind i de danske farvande , f.eks,. sardiner, ansjoser, rødmulle, tyklæbet multe, havbars, guldbrasen, mulle, sværdfisk og sanktpeterfisk. Fangsterne af rødmullen og tyklæbet multe er således steget markant siden 1990’erne.

Ændrede saltholdigheder og øget lagdeling i Østersøen kan få negativ betydning for torskebestanden i Østersøen. I Nordsøen er nedgangen i forekomsterne af tobis bl.a. også relateret til de højere vandtemperaturer, der har ændret deres fødegrundlag.

Ændring i fiskearterne vil have konsekvenser for andre dele af økosystemet. Eksempelvis betyder nedgangen i  tobisforekomsterne også i de senere år en stor nedgang i ynglesuccesen på fuglefjeldene i Skotland, Færøerne, Island og vest-Norge. I Danmark havde det også konsekvenser for riderne (en mågeart), som yngler på Bulbjerg i Nordylland, idet de ikke fik unger på vingerne i 2008.